應用英語系於2000年成立碩士班；2004年應用英語系碩士班分為兩組招生: 應用語言學與英語教學組及翻譯組；2012年應用英語系正式改為兩個碩士班各自招生: 應用語言學與英語教學碩士班及口筆譯碩士；2022年應用語言學與英語教學碩士班分為兩組招生：英語教學組及商務英語溝通組。

應用語言學與英語教學碩士班兩組之課程規劃皆強調理論與實務並重，兩組皆開設研究方法、統計與評量、質性研究、學術寫作、學術簡報技巧等課程，以增進學術研究及論文寫作與發表能力。兩組之專業課程設計，乃配合各組之教學目標有所不同。
(一)英語教學組：教學目標為培育兼具英語教學研究及教學能力之人才；專業課程之設計著重於英語教學領域所需之基礎理論與教學實務內容，包括應用語言學、外語習得、外語教學方法論、閱讀與寫作教學、語言測驗與評量、語言學習與科技、語料庫語言學等課程。
(二)商務英語溝通組：教學目標為培育兼具商務英語溝通研究及溝通能力之人才；專業課程之設計著重於商務英語溝通領域所需之基礎理論與溝通實務內容，包括商務溝通策略、商務寫作分析、世界英語、社會語言學、言談分析、商務口譯、財經翻譯等課程。

1. 培育兼具學術研究與教學實務之人才：課程規劃強調理論與實務並重，英語教學組為增進學生英語教學研究及教學實務能力，重視英語教學專業領域之基礎理論及教學實務之學習，培育優秀英語教學師資及研究人才。商務英語溝通組為增進學生商務英語溝通研究及溝通實務能力，重視商務英語溝通專業領域之基礎理論及溝通實務之學習，培育優秀商務英語溝通人才。
2. 迎接高科技多媒體教學之挑戰：透過網路、多媒體、及電腦輔助英語學習之相關課程訓練，加強學生在科技及多媒體教學之所需技能，並訓練學生利用現代科技來輔助英語教學工作，以提昇教學品質及成效，迎接高科技數位媒體融入外語教學之挑戰。
3. 強化應用語言學與英語教學研究之優良水準：厚植學生應用語言學與英語教學理論研究之根基，開發學生於此領域學術專題之研究及論文發表能量，並建置各種應用語言學與英語教學之資訊網站及教學研究交流區，提供學者、教師、及研究生使用，以提升台灣應用語言學與英語教學研究之水準。
4. 建立應用語言學/英語教學及產學雙贏之共生機制：邀請應用語言學專家及經驗豐富之英語教師定期來校講座，並安排學生至不同機構及學校參與英語教學實習工作，強化其進入職場前之實務能力。同時，亦與業界建立產學合作夥伴關係，提供業界所需之英語教學、教材課程規劃研發、教學諮詢、及測驗評量設計等資源，以提升台灣英語教學水準，建立產學雙贏之共生機制。